Спустя пять лет после событий первой части игры Джеки Эстакадо уже глава преступного синдиката, который борется со своей способностью. За прошедшее время Джеки дорос до должности мафиозного босса и ввязался в полномасштабную войну между гангстерами — так что его «темные» способности будут весьма кстати. Некий культ, под названием «Братство», решает её захватить. Джеки противоборствует им. Главный герой будет к тому же попадать в другую реальность, которая является психиатрической лечебницей (в ней все персонажи игры представлены либо сотрудниками больницы, либо самими больными), давая намек, что возможно Джеки параноидный шизофреник, но освободивший героя миньон разрушает этот стереотип.