В основу романа положены малоизвестные факты, связанные с полулегендарным рейдом группы полковника Курбатова, одного из непримиримых борцов с советской властью, по глубоким тылам Красной армии в 1944 году.

Правительство узнаёт, что дорога к центру Зоны стала доступна. Было решено провести операцию под названием "Фарватер" с целью взятия Зоны под свой контроль. Согласно плану операции, отряд военных на вертолётах должна разведать местность и составить карты аномальных полей.

В морском приключенческом романе «Секретный фарватер» Леонид Ломакин (Платов – псевдоним писателя) ведает об отваге и бесстрашии советских моряков-балтийцев во время Второй мировой войны, о том как морякам удалось раскрыть тайну скрытой немецкой подводной лодки, именуемую «Летучий Голландец».