2012 год. Шесть лет прошло с момента Второй катастрофы, затмившей события апреля 1986 года.
Действие игры происходит в Чернобыльской зоне отчуждения, превратившейся из места, где ломались судьбы, в угрозу всему человечеству. Свои тайны Зона раскрывает неохотно, через силу, и редкий герой сможет добраться до самого ее сердца и узнать – какая опасность поджидает его там?

Действие игры представляет крупномасштабную военную операцию по взятию ЧАЭС под свой контроль под кодовым названием "Фарватер". Однако план проваливается - большинство вертолётов разведки оказывается уничтожено. Для того, чтобы узнать причину такого фиаско, Служба Безопасности Украины направляет своего агента Александра Дегтярева в центр Зоны.

В то время как военные и ученные пытаются взять Зону под свой контроль, возникает небольшая группа специалистов, которая преследует собственную цель — уничтожить Монолит любой ценой. У них есть возможности, поддержка самого могущественного клана, уникальное оружие, способное разрушить Монолит, и подходящий исполнитель. В их лице человечество впервые бросает вызов Зоне, чтобы победить.

Реальный пацан Толик добился своего: попал в Зону, прошел "прописку" в бригаде Гены Торца и рассчитывал на сладкую жизнь. А что? Знай обирай сталкеров, греби артефакты, вали мутантов. Но дела у бригады идут неважно. Да тут еще обосновавшемуся на Свалке Корейцу удалось наконец объединить сталкеров-одиночек и дать отпор бандитам. В разгар боя вмешались военные - так что мало не показалось ни честным мужикам, ни мародерам. Зато Толик в итоге нашел для бригады знатный схрон - заброшенную секретную лабораторию.

Слепой - один из самых неудачливых сталкеров. Однако именно ему предлагает стать проводником известный учёный Дитрих Вандемейер. Дитрих платит немного и склонен к почти самоубийственному риску - но Слепому, по сути, не из чего выбирать. Но вскоре этой странной команде предстоит выйти на очень необычное дело - расследование таинственных исчезновений сталкеров, снова и снова пропадающих в одной и той же области Зоны.

Программист Олег Гарин вел размеренный образ жизни и в Зону не собирался. Но вот заболел курьер, и начальство из Института попросило Гарина слетать на исследовательский пост. Туда - и обратно, минутное дело! Кто же знал, чем обернется эта короткая командировка...

Охотники - один из самых загадочных кланов. Эти сталкеры нанимаются, чтобы устранить опасных мутантов, терроризирующих торговцев и одиночек, но на этот раз клан Охотников получает необычное задание - найти и взять живым странного мутанта, нападающего на одиноких ходоков в районе Свалки. Мутанта зовут Макс Зверев...

В заброшенной деревне у завода "Юпитер" происходят загадочные события. Появляются могущественные существа, способные покидать Зону и жить за ее пределами. Это не люди, но и не мутанты. Они – новое порождение гиблой земли. Угольники. Вольный сталкер Минор встречает странноватого паренька Лёвку, который говорит, что поможет добраться до шахты быстрее военных и раздобыть артефакты, позволяющие угольникам уходить за Периметр.

Дерзкая девчонка по имени Яна Волкова загнана в угол обстоятельствами, в которых частично виновата сама. И чтобы скрыться от правосудия и возможной мести, она отправляется в Зону, тем самым преследуя еще и самую обычную цель - заработать.

Мод Reborn ("Возрождённый") задуман Автором в 2-х частях - "Артефакты смерти" и "Двойники". Данная сборка - это существенно доработанный мод v.2.50 "Артефакты смерти". Хронологически, действие в Реборне происходит сразу после событий Clear Sky. Игра открывает совершенно новую ветку развития сюжета S.T.A.L.K.E.R'a!