2012 год. С момента второй катастрофы, затмившей события апреля 1986 года, прошло шесть лет. Действие игры происходит в Чернобыльской зоне отчуждения, превратившейся из места, где ломались судьбы, в угрозу всему человечеству. Свои тайны Зона раскрывает неохотно, через силу, и редкий герой сможет добраться до самого ее сердца и узнать – какая опасность поджидает его там?

Действие происходит в альтернативной реальности, где был второй взрыв на территории печально известной Чернобыльской АС. Этот взрыв прородил «Зону», место, в котором появляются разные аномальные явления. Желая расследовать эту ситуацию, правительство Украины посылает в Чернобыль войска,где их действия заканчиваются провалом. После, Зона была ограждена и стала крайне охраняемым объектом. Ещё позже приходит информация о мутировавших животных, продуктах аномалий — артефактах («хабаре»). Сорвиголовы начали проникать на территорию Зоны, дабы добыть ценный артефакт и продать его учёным. Таких людей прозвали сталкерами. Главный герой это чудом уцелевший сталкер из «грузовика смерти». Память главного героя стерта, а единственная зацепка — запись в КПК: «Убить Стрелка». Один из сталкеров находит главного героя и приносит его — первого найденного живым человека из «грузовика смерти» — к торговцу Сидоровичу. Тот вылечивает героя и, не намереваясь по собственным словам «играть в благородство», заставляет работать на себя.