Действия игры начинаются на немецком линейном корабле Тирпиц. Агент США Би Джей Блажкович совершает диверсию на нацистском линейном корабле. Блажковичу почти удаётся добежать до самолёта, но он попадает в окружение нацистов. На Тирпице агент обнаружил загадочный медальон. Когда фрицы открыли огонь, артефакт защитил Би Джея от пуль, а затем уничтожил противников. В последний момент Блажковичу удаётся запрыгнуть в самолёт и улететь. Тирпиц отправился ко дну.

Действия игры происходят в 1943 году, когда Третий Рейх надеялся вернуть потерянную инициативу в войне с помощью сверхестественных сил. Американское правительство начинает отправлять своих шпионов, с целью разведки планов Германии, но связь с ними прерывается. Вы начинаете игру в роли шпиона Билли Блашковича. Вас взяли в плен и поместили в камеру замка Вольфенштейн.